Nguyên nhân của các kỷ băng hà hiện vẫn đang gây tranh cãi cho cả các thời kỳ "kỷ băng hà" trên diện rộng và thời kỳ rút lui nhỏ hơn và sự tuần hoàn của các giai đoạn "băng/gian băng" bên trong một kỷ băng hà. Một sự đồng thuận chung cho rằng nó là sự tổng hợp của ba yếu tố khác nhau: thành phần khí quyển (đặc biệt là tỷ lệ của co2 và mêtan), những thay đổi của quỹ đạo Trái Đất quanh Mặt Trời được gọi là các chu kỳ Milankovitch (và có lẽ là Quỹ đạo của mặt trời quanh ngân hà), và vị trí của các lục địa.
Thành phần khí quyển có lẽ là nguyên nhân chủ yếu gây ra sự thay đổi, đặc biệt ở kỷ băng hà đầu tiên. Lý thuyết "Quả cầu tuyết Trái Đất" cho rằng những sự thay đổi về mức độ CO2 vừa là nguyên nhân gây ra, vừa là nguyên nhân làm kết thúc thời kỳ cực lạnh ở cuối Liên đại Nguyên Sinh (Proterozoic). Tuy nhiên, hai yếu tố còn lại cũng có liên quan tới sự kiện đó.
Sự hiện diện đông đảo của lục địa bên trong Bắc Cực và vùng Nam Cực có lẽ là một yếu tố cần thiết gây ra kỷ băng hà, có lẽ bởi vì khối lượng lục địa khiến cho băng và tuyết có địa điểm thích hợp để tích tụ trong những khoảng thời gian lạnh và vì thế gây ra một quá trình phản hồi ngược như những thay đổi của suất phản chiếu. Quỹ đạo Trái Đất không có hiệu ứng lớn đối với sự thành tạo trong quá trình dài của các kỷ băng hà, nhưng có lẽ nó bức chế mô hình lạnh đi và nóng lên rất phức tạp đã diễn ra trong kỷ băng hà hiện nay.