Trong quá trình giao phối, cá ngựa cái "gửi trứng" của mình trong một chiếc túi đặc biệt của cá ngựa đực. Cá ngựa đực sẽ tự thụ tinh cho những quả trứng này và mang thai khoảng từ hai đến ba tuần. Thời điểm sinh con, đương nhiên cá ngựa đực cũng phải chịu những cơn đau đớn kéo dài vài tiếng đồng hồ trước khi cho vài trăm chú cá con ra đời. Sở dĩ cá ngựa đực làm được như vậy là vì chúng có một gene đặc biệt có tên patristacin.
Có một giả thuyết khác về lý do tại sao cá ngựa đực thường mang thai. Đó là bởi cấu tạo tự nhiên của cá ngựa đực giúp sinh ra nhiều cá ngựa con và với tốc độ nhanh hơn. Một con cá ngựa đực có thể sinh cá ngựa con cùng ngày và tiếp tục mang thai tiếp lứa tiếp theo sau khi cá ngựa cái đã tích lũy đủ số trứng. Nhờ sự phân công nhiệm vụ này nên con cái có đủ thời gian để phục hồi năng lượng và tạo ra nhiều trứng hơn thay vì phải kiêm cùng lúc nhiệm vụ tạo trứng và nuôi cá ngựa con.