Cửa động hình thang, rộng khoảng 20 - 25m, cao 10m, có nhũ đá lô nhô. Bơi thuyền qua cửa hang, cảm giác oi nồng của mùa hè nơi miền Trung gió Lào lập tức biến mất, càng vào sâu ánh sáng càng nhạt dần rồi mất hẳn, một thế giới u linh, kỳ thú … hiện ra.
Theo các nhà khoa học, quá trình phong hóa tạo thành hang động ở Phong Nha là quá trình tự nhiên đã diễn ra từ cách đây 250 triệu năm. Dạng địa hình chính của Phong Nha-Kẻ Bàng là núi đá vôi và núi đất, độ cao trung bình 600 mét, thành hẹp, vách đứng. Động Phong Nha nằm ở phần đông nam khối núi đá vôi Kẻ Bàng trong một vùng đá vôi bị phong hóa mạnh, diện tích khoảng 10.000 km2, kéo dài 200 km trên phía bắc dãy Trường Sơn, thông cả sang Lào. Ở khối núi đá vôi này có hiện tượng nước chảy ngầm. Dòng chảy trên mặt có thể nhìn thấy là các con sông Son, Troóc, Chày, Rào Thương bắt nguồn từ các con suối nhỏ, đến hang Én thì suối lớn chảy ngầm vào lòng núi đá vôi để tạo thành các hang động.