Bộ máy nhà nước thời Trần cũng giống như thời Lý, được phân làm ba cấp, quyền hành tập trung trong tay vua (chế độ phong kiến tập quyền). Điểm khác là, tổ chức bộ máy nhà nước thời Trần chặt chẽ, quy củ, hoàn chỉnh hem thời Lý. Các vua Trần thường nhường ngôi sớm cho con và xưng là Thái thượng hoàng, cùng với vua (con) giúp nước, đặt thêm một số cơ quan và chức quan để giúp vua trị nước