Nói về vai trò thì ta phải nói đến 2 mặt: có lợi và có hại
*Có lợi:
- Xác động vật, thực vật nếu chết rơi xuống đất được vi khuẩn ở trong đất biến đổi thành các muối khoáng. Các chất này được cây sử dụng để chế tạo thành chất hữu cơ nuôi sống cơ thể.
- Một số vi khuẩn phân hủy không hoàn toàn các chất hữu cơ thành các hợp chất đơn giản chứa cacbon. Những chất này bị vùi lấp hoặc lắng sâu xuống đất trong thời gian dài, không bị phân hủy tiếp tục nữa, tạo thành than đá hoặc dầu lửa.
- 1 số vi khuẩn có khả năng cố định đạm (vi khuẩn cộng sinh với rễ cây họ Đậu tạo thành các nốt sần).
- Vi khuẩn gây hiện tượng lên men và được sử dụng để chế biến 1 số loại thực phẩm: muối dưa, muối cà, làm dấm, làm sữa chua …
- Vi khuẩn còn có vai trò trong công nghệ sinh học: tổng hợp protein, vitamin B12, axit glutamic (làm mì chính), làm sach nguồn nước …
*Có hại:
- Vi khuẩn kí sinh trong cơ thể người gây bệnh như: vi khuẩn gây bệnh tả, vi khuẩn lao …
- Nhiều vi khuẩn phá hỏng thức ăn vì chúng gây ôi thiu hoặc thối rữa. Các rác có nguồn gốc hữu cơ, các xác động vật, thực vật chết lâu ngày bị các vi khuẩn phân hủy gây mùi hôi thối làm ô nhiễm môi trường.