Trong phân chuồng chứa rất nhiều chất hửu cơ, các loại vi sinh vật, NH3, ...
NH3, CH4, C2H6, ... là chất dể bay hơi làm thất thoát lượng N (nitơ hay còn gọi đạm URE), việc dùng bùn ao phủ bên ngoài nhằm ngan cản sự bay hơi của các chất trên đồng thời tạo môi trường yếm khí giúp các vi sinh vật yếm khí phân hủy các chất hửu cơ, NH3, ... thành N2 và các khác giúp cây trồng hấp thu dễ dàng (NH3 độc cho cây trồng)