Trên mỗi chạc chữ Y chỉ có 1 mạch phân tử DNA được tổng hợp liên tục, mạch còn lại được tổng hợp một cách gián đoạn là vì:
Enzyme DNA polymerase chỉ có thể gắn vào đầu 3'-OH của nucleotide để xúc tác bắt cặp nucleotide => DNA polymerase chỉ có hoạt tính xúc tác tổng hợp liên tục trên mạch có chiều 3' - 5'.
Mạch còn lại có chiều 5' - 3' không có đầu 3'-OH cung cấp cho DNA polymerase nên phải hình thành các đoạn mồi có chiều 3' - 5' liên tục để cung cấp đầu 3'-OH trên RNA cho DNA polymerase xúc tác tổng hợp mạch mới => mạch này tổng hợp gián đoạn.