- Trong tự nhiên:
+) Làm sạch môi trường nước | Trùng biến hình, trùng giày, trùng roi, trùng hình chuông;
+) Làm thức ăn cho động vật nước: Giáp xác nhỏ,cá biền | Trùng biến hình,trùng roi,trùng nhảy.
- Đối với con người:
+) Vật chỉ thị cho các tầng có dầu mỏ | Trùng lỗ;
+) Tạo nhiều loại đá dùng để đánh nhẵn mặt kim loại | Trùng phóng xạ.
- Tác hại:
+) Gây bệnh cho động vật | Trùng cầu,trùng bào tử;
+) Gây bệnh cho con người | Trùng kiết lị,trùng sốt rét.