Giới tính của cá sấu được xác định bởi:
- Nhiệt độ ấp trứng: Không như con người và nhiều loài động vật có vú khác nhận biết giới tính bằng khả năng di truyền thì cá sấu lại dựa vào nhiệt độ ấp trứng khi ấp ở trong tổ. Ở nhiệt độ dưới 31,7oC thì khi trứng nở ra sẽ cho giới tính là cái, nhiệt độ từ 31,7-34,5oC khi trứng nở ra sẽ cho giới tính là đực và sau đó nhiệt độ trên 34,5oC sẽ sản sinh ra con cái một lần nữa.
- Đặc điểm ngoại hình của những con cùng lứa tuổi: Nếu không kịp xác định được giới tính của chúng khi còn trong trứng thì cũng có thể nhận biết qua giai đoạn sinh trưởng của cá sấu như:
+ Cá sấu cái đầu nhỏ, mõm ngắn, vảy thưa, tốc độ sinh trưởng chậm
+ Cá sấu đực đầu to, mõm dài, lớn nhanh hơn
