Hệ thống quan lại, và cả Tự Đức, đã không tin Nguyễn Trường Tộ vì ông là người theo đạo Thiên chúa. Lúc này, trong nhận thức của quan lại, của Tự Đức, và phần đông xã hội, gần như đồng nhất Đạo Thiên chúa là Pháp, mà Pháp là kẻ thù xâm lược. Họ không chấp nhận kiểu tư duy người Tây, không chấp nhận Thiên chúa giáo nên không chấp nhận Nguyễn Trường Tộ. Logic này là bi kịch lớn nhất của ông.
Vua cho rằng những phương pháp cũ đã đủ để điều khiển quốc gia
Vì vua Tự Đức chưa hiểu biết tình hình các nước trên thế giới