Theo Lịch triều hiến chương loại chí, Mạc Đĩnh Chi là người làng Lũng Động, huyện Chí Linh, Hải Đông (tỉnh Hải Dương hiện nay), tổ tiên là Mạc Hiển Tích đỗ khoa Thái học sinh năm Bính Dần đời vua Lý Nhân Tông. Ông thông minh hơn người, nhưng tướng mạo xấu xí.
Thân phụ: Mạc Đĩnh Kỳ
Sinh: 1272; Hải Dương