Lục lạp và ti thể có thể có nguồn gốc từ sinh vật nhân sơ vì có nhiều đặc điểm giống với vi khuẩn :
- Có kích thước gần tương đương với vi khuẩn.
- Có Ribôxôm 70S.
- Ti thể và lục lạp có bộ máy di truyền riêng, là ADN trần dạng vòng, có khả năng nhân đôi độc lập với ADN NST của tế bào. Cấu trúc gen cũng giống gen của vi khuẩn.
- Người ta cho rằng ti thể có nguồn gốc từ vi khuẩn dị dưỡng, lục lạp có nguồn gốc từ vi khuẩn tự dưỡng cộng sinh nội bào với tế bào nhân thực.