Nguyên nhân hay gặp nhất là dùng thuốc tẩy giun không đủ liều làm cho giun đũa không bị liệt hẳn mà lại kích thích làm rối loạn vận động của chúng, giun sẽ chuyển động không định hướng từ ruột non đi lên hành tá tràng rồi chui vào ống dẫn mật, túi mật. Một số trường hợp giun chui ống mật là do dịch vị dạ dày bài tiết kém (nhất là các trường hợp sau mổ cắt dạ dày) nên giun mới có điều kiện chui ngược dòng đi lên