Từ cuối thế kỉ XVI, nhà nước phong kiến Nam triều chuyển về Thăng Long, được xây dựng lại hoàn chỉnh với danh nghĩa thống trị toàn bộ đất nước, do vua Lê đứng đầu. Tuy nhiên, quyền hành của vua Lê Chiêu Thống không còn như trước, thậm chí bị thu hẹp đến mức chỉ còn là danh nghĩa. Mọi quyền hành đều nằm trong tay người tổng chỉ huy quân đội họ Trịnh.
→ Như vậy, ở Đàng Trong tồn tại hai chính quyền là triều đình và phủ chúa (Vua Lê – Chúa Trịnh).