Trong 1 cơ quan và giữa các cơ quan của cây có hoa có mối quan hệ chặt chẽ đã tạo cho cây thành 1 thể thống nhất.
Ví dụ: khi lá hoạt động yếu, thoát hơi nước ít thì sự hút nước của rễ cũng giảm, sự quang hợp của lá yếu không cung cấp đủ chất dinh dưỡng cho thân ,rễ; nên cây sinh trưởng chậm và ảnh hưởng tới sự ra hoa, kết hạt và tạo quả.
Cây có hoa có 6 cơ quan và chức năng của chúng là:
- Hoa : Thực hiện thụ phấn, thụ tinh, kết hạt và tạo quả.
- Quả : Bảo vệ hạt và góp phần phát tán hạt.
- Hạt : Nảy mầm thành cây con, duy trì và phát triển nòi giống.
- Rễ : Hấp thụ nước và muối khoáng cho cây.
- Thân : Vận chuyển nước và muối khoáng từ rễ lên lá và chất hữu cơ từ lá đến tất cả các bộ phận khác của cây.
- Lá : Thu nhận ánh sáng để chế tạo chất hữu cơ cho cây, trao đổi khí với môi trường bên ngoài và thoát hơi nước.