Một nguyên nhân chính là do hoạt động của mắt người trong việc nhìn thấy màu sắc. Mắt người nhạy cảm với ánh sáng có bước sóng từ 380 đến 740 nm. Trên võng mạc bình thường có 10 triệu tế bào que cảm biến ánh sáng và 5 triệu tế bào hình nón phát hiện ra màu sắc. Mỗi tế bào nón có chứa sắc tố giúp phản ứng với từng loại bước sóng khác nhau. Có 3 loại tế bào nón chính tương ứng với các loại bước sóng ngắn, trung bình và dài. Chúng ta cần phải sử dụng cả 3 loại tế bào này để nhìn thấy màu sắc chính xác nhất.
Mỗi tế bào nón có phản ứng với các bước sóng tối đa là: 570 nm đối với bước sóng dài, 543 đối với bước sóng trung bình, và 442 nm đối với bước sóng ngắn. Dù vậy, 3 loại tế bào nón này có thể phản ứng với số bước sóng trên diện rộng và chồng chéo nhau. Điều này có nghĩa là sẽ có trường hợp 2 quang phổ khác nhau có thể gây ra cùng 1 phản ứng trên các tế bào nón.
2 quang phổ khác nhau nhưng cùng tạo 1 phản ứng giống nhau trên tế bào nón được gọi là đồng phân dị vị. Trở lại vấn đề bầu trời, khi bầu trời là một hỗn hợp giữa màu xanh và tím. Các tế bào nón trong mắt người sẽ phản ứng khi nhìn thấy hỗn hợp này thành hỗn hợp của màu xanh và trắng. Và cuối cùng, tín hiệu đưa về hệ thần kinh chỉ là màu xanh. Điều này tương tự như thủ thuật trộn màu đỏ và xanh lá để thành màu vàng vậy.
Dù vậy, một số loài động vật nhìn bầu trời không phải có màu xanh như con người. Ngoài con người và một số loại linh trưởng, hầu hết các loài động vật khác đều có 2 loại tế bào hình nón trong võng mạc. Do đó, các loài động vật này, như chim chẳng hạn, sẽ nhìn thấy bầu trời là màu tím.
ST