Để phát triển các loại thức ăn tự nhiên cho cá, cần thiết phải bón phân cho ao hồ. Nhờ bón phân mà hàm lượng muối dinh dưỡng trong đất và nhất là trong nước được bổ sung thêm phong phú. Ta thường sử dụng 2 loại phân bón là phân hữu cơ và phân vô cơ (phân hoá học).
– Phân hữu cơ:
Phân hữu cơ được sử dụng phổ biến, bao gồm phân gia súc (phân chuồng), phân xanh, nước thải sinh hoạt, phân bắc và còn nuôi kết hợp vịt – cá để tận dụng nguồn phân vịt thải trực tiếp xuống ao hồ.
Phân hữu cơ ngoài việc cung cấp đạm, lân cho tảo phát triển, nó còn là nguồn thức ăn trực tiếp cho các động vật phù du và động vật đáy cũng như mùn bã hữư cơ. Do đó thành phần thức ăn tự nhiên trong ao hồ sử dụng phân hữu cơ phong phú.
Những ao mới đào, nhất là ở vùng đất cát khó giữ nước thì phân hữu cơ có tác dụng cải tạo đáy, tạo điều kiện cho vi sinh vật đáy phát triển, hạn chế việc thấm nước ao.
Tuy nhiên, nếu bón quá nhiều phân hữu cơ, vào những ngày oi bức, phân hữu cơ phân giải mạnh làm cho nước ao thiếu oxy. ảnh hưởng đến đời sống của cá.