Về nguyên tắc, nước cần phải được làm sạch sơ bộ, trước khi đưa vào nồi cất để điều chế nước cất. Phương pháp làm sạch phụ thuộc vào tạp chất có trong nước. ở các cơ sở có máy cất nước liên tục hiện đại, nguồn nước sinh hoạt, trước khi đem vào nồi cất, được đi qua bộ phận có các màng lọc và các chất nhựa hấp phụ trao đổi ion, nhằm loại các tạp ion, loại Ca1-2, Mg+2 để giảm độ cứng của nước.