Quần thể ngẫu phối là quần thể trong đó các cá thể giao phối ngẫu nhiên với nhau, không có sự ảnh hưởng của yếu tố nào đến việc lựa chọn đối tác giao phối. Điều này dẫn đến việc tạo ra một sự đa dạng gen cao và duy trì sự đồng nhất gen trong quần thể.
Trong khi đó, quần thể tự phối là quần thể trong đó các cá thể tự thụ phấn, tức là giao phối với chính bản thân mình. Điều này dẫn đến việc giảm sự đa dạng gen và tăng khả năng xuất hiện các gen recesive trong quần thể.