- Ảnh hưởng xấu đến quần thể sinh vật:
+ Do sử dụng không đúng quy trình, sử dụng nhiều với nồng độ cao... làm cháy, táp lá ảnh hưởng đến sinh trưởng, phát triển của cây trồng, giảm chất lượng nông sản.
+ Diệt trừ cả sinh vật có ích, phá vỡ cân bằng sinh thái
+ Xuất hiện quần thể sinh vật gây hại kháng thuốc.
- Ảnh hưởng đến môi trường
+ Thuốc hoá học BVTV theo nước mưa, nước tưới trôi xuống đất, ngấm vào nguồn nước gây ô nhiễm đất, nước ảnh hưởng xấu đến sinh vật thuỷ sinh.
+ Thuốc tồn lưu trong cơ thể cây trồng, vật nuôi theo thức ăn vào người gây bệnh hiểm nghèo.
+ Thực phẩm có dư thừa thuốc hoá học BVTV có thể gây ngô độc cấp tính.
- Biện pháp hạn chế:
+ Chỉ dùng thuốc hoá học BVTV khi dịch hại tới ngưỡng gây bệnh.
+ Sử dụng thuốc có hệ số chọn lọc cao, phân huỷ nhanh
+ Sử dụng đúng thời gian, đúng thuốc, đúng nồng độ và liều lượng
+ Bảo quản phải tuân thủ quy định an toàn lao động, bảo vệ môi trường.