Tự thụ phấn là khi phấn hoa từ cùng một cây rơi vào đầu nhụy (đối với thực vật có hoa) hoặc vào noãn (đối với thực vật hạt trần) của chính hoa đó. Có hai loại tự thụ phấn: trong trường hợp tự phối, phấn được chuyển tới đầu nhụy của cùng một bông hoa; trong trường hợp thụ phấn khác hoa cùng gốc, phấn hoa được chuyển từ bao phấn của một bông hoa tới đầu nhụy của một bông hoa khác trên cùng một cây hoa, hoặc từ túi bào tử đực tới noãn trong cùng một cây thực vật hạt trần (lưỡng tính). Một số loài cây có các cơ chế để đảm bảo việc tự phối, ví dụ như hoa không mở ra (thụ phấn ngậm), hoặc nhị hoa di chuyển để tiếp xúc với đầu nhụy.
Có một số ưu điểm cho các loài hoa tự thụ phấn. Đầu tiên, nếu như một cấu trúc di truyền nhất định phù hợp với một môi trường, tự thụ phấn giúp giữ đặc tính này ổn định trong loài. Không bị phụ thuộc vào các tác nhân giúp thụ phấn cho phép sự tự thụ phấn diễn ra khi không có ong và gió. Tự thụ phấn cũng là một ưu điểm khi số lượng hoa nhỏ hoặc bi phân bố rộng. Trong quá trình tự thụ phấn, hạt phấn không bị truyền từ hoa này sang hoa khác. Do đó ít phung phí phấn hoa hơn. Đồng thời, nó cũng không phụ thuộc vào bất cứ thứ trung chuyển bên ngoài nào. Thực vật phát triển theo cách này không thể thay đổi đặc tính của mình và do vậy các đặc tính của loài có thể được duy trì. Bằng cách này, một loài có thể giữ nguyên sự thuần chủng.