Trùng roi và trùng giày giống nhau về đặc điểm:
+ Chúng có cấu tạo từ 1 tế bào
+ Có kích thước hiển vi
+ Sinh sản là phân đôi
+ Di chuyển là vừa tiến và xoay
+ Và hô hấp qua màng cơ thể
- Khác nhau:
+ Trùng roi có chất diệp lục, tự dưỡng và di chuyển nhờ điểm mắt, roi.
+ Trùng giày là di chuyển là lông bơi và sinh sản tiếp hợp.