- Vì trong nuôi cấy không liên tục, môi trường nuôi cấy không được bổ sung chất dinh dưỡng mới, chất dinh dưỡng sẽ dần cạn kiệt, đồng thời chất độc hại tích lũy quá nhiều, vi khuẩn không còn chất dinh dưỡng để phân giải sẽ phải tự phân hủy ở pha suy vong.
- Còn trong nuôi cấy liên tục, người ta luôn bổ sung liên tục các chất dinh dưỡng vào và lấy ra một lượng dịch nuôi cấy tương đương khiến cho môi trường luôn ở trạng thái ổn định, không tích lũy quá nhiều chất độc hại gây ức chế sự sinh trưởng của vi khuẩn khiến vi khuẩn không tự phân hủy.