Về biến đổi: Thường biến thuộc biến đổi kiểu hình còn đột biến thuộc biến đổi kiểu gen.
Về cách thức xuất hiện: Thường biến xuất hiện đồng loạt và theo hướng xác định. Ngược lại, đột biến thường có sự xuất hiện riêng lẻ và không theo hướng xác định.
Về di truyền: Thường biến không có yếu tố di truyền còn đột biến có yếu tố di truyền
Về tính ứng dụng: Thường biến không phải là nguyên liệu quan trọng trong chọn giống và tiến hóa. Ngược lại, đột biến trong thực tế lại là nguyên liệu quan trọng trong chọn giống và tiến hóa.