Trước sự sụp đổ chế độ Xã hội chủ nghĩa ở các nước Đông Âu và trước biến đổi về tình hình thế giới, sự tồn tại của Hội đồng Tương trợ Kinh tế không còn thích hợp nữa. Do đó hội nghị đại biểu các nước thành viên vào ngày 28 tháng 6 năm 1991 quyết định chấm dứt mọi hoạt động.