Màu của lá cây là do sắc tố của lá quy định.
Thông thường, lá cây có màu xanh là do màu của diệp lục. Còn tại sao diệp lục có màu xanh, là bởi vì nó không hấp thụ màu lục. Trong dải quang phổ thì màu xanh tím và màu đỏ có lợi với quang hợp hơn là màu lục (1 phần vì ích lợi trong quang hợp, 1 phần vì khả năng hấp thụ của diệp lục). Do không hấp thụ màu lục, nó phản chiếu lại, tạo cho ta cảm giác lá có màu lục.
Ngoài màu lục, nhiều lá còn có màu sắc sặc sỡ như đỏ, vàng,.. đặc biệt là ở vùng ôn đới và vùng lạnh. Lý do là ngoài diệp lục, trong tế bào còn có các sắc tố phụ khác. Các sắc tố này có vai trò hấp thụ các ánh sáng còn lại và biến năng lượng của các ánh sáng này thành nhiệt, sưởi ấm cho cây. Những cây này vẫn có diệp lục và quang hợp bình thường, chỉ là sắc tố phụ át chế đi màu lục của nó. Bằng chứng là khi lấy lá đó ngâm vào nước nóng, ví dụ như ngâm lá dền đỏ, thì sau 1 thời gian, màu đỏ biến mất, còn lại màu xanh như bình thường.