- Do các chất thải của con người, khu xí nghiệp, chế xuất, khai thác khoáng sản, dầu mỏ, dầu khí không xử lý xả trực tiếp vào nguồn nước
- Các hoạt động nông nghiệp như chăn nuôi gia súc (nước tiểu gia súc, thức ăn thừa không qua xử lý ) và các hoạt động sản xuất nông nghiệp khác (thuốc trừ sâu, phân bón từ các ruộng lúa, dưa, vườn cây, rau chứa các chất hóa học độc hại)
- Ô nhiễm nước do mưa, tuyết tan, lũ lụt... hoặc do các sản phẩm từ hoạt động sống của sinh vật chưa kể xác chết của chúng.
- Cây cối, sinh vật chết đi, chúng bị vi sinh vật phân hủy thành chất hữu cơ. Một phần sẽ ngấm vào lòng đất, sau đó sẽ ngấm sâu vào nguồn nước ngầm, gây ô nhiễm, hoặc theo dòng nước ngầm hòa vào dòng lớn
- Lụt lội có thể làm nước mất sự trong sạch, khuấy động những chất bẩn, cáu cặn trong hệ thống cống rãnh, mang theo nhiều chất thải độc hại từ nơi đổ rác, và cuốn theo các loại hóa chất trước đây đã được cất giữ.
- Ô nhiễm nguồn nước do các yếu tố tự nhiên (Núi lửa, bão lụt, xói mòn...) có thể sẽ rất nghiêm trọng.
- Do các nạn chìm tàu trên biển