Trong thời gian Lê Văn Thịnh làm Thái sư, ông đã tiến hành cải cách ít nhiều gây tổn hại đến lợi ích của tầng lớp tăng lữ, quý tộc, thậm chí bị coi là hạn chế thế lực nhà chùa. Phải chăng vì những điều này mà có thế lực nào đó đã mượn tay của đạo lão mà Mục Thận đứng ra dựng màn kịch vụ án ở hồ Dâm Đàm.
Một dữ kiện nữa là kỳ thi nho học lần thứ 2 do Lê Văn Thịnh đề xuất năm diễn ra năm 1086, nhưng kỳ thi thứ 3 phải tận tới năm 1152 mới diễn ra. Tại sao có chuyện này. Phải chăng có một sự áp chế nho học ở đây.
Từ Khôi cho rằng, xem xét kỹ các nghi vấn về vụ án, thì nghi vấn mâu thuẫn ý thức nho - phật là thuyết phục hơn cả. Vào một khoảnh khắc của lịch sử, khi nho giáo mới bắt đầu xây dựng nền móng của mình mà đã đòi ngày vị trí độc tôn trên chính trường thì tất yếu bi kịch xảy ra và Lê Văn Thịnh đã bị loại khỏi vũ đài chính trị.