Vi khuẩn có thể trở thành nguyên nhân gây bệnh vì chúng có khả năng xâm nhập vào cơ thể con người và sinh sống trong môi trường nội bào hoặc ngoại bào. Khi số lượng vi khuẩn tăng lên quá nhanh hoặc chúng sản xuất các chất độc hại, chúng có thể gây ra các triệu chứng bệnh như sốt, viêm nhiễm, hoặc tổn thương cơ thể. Vi khuẩn cũng có thể tạo ra các enzyme phá hủy mô và hệ thống miễn dịch, gây ra các vấn đề sức khỏe nghiêm trọng.