Là kiểu phân loại sinh vật dựa trên cơ sở các dấu hiệu được lựa chọn nhằm một mục đích hoặc vì một nguyên nhân nào đó, như để dễ quan sát, như vì dễ tìm thấy. Trong phân loại nhân tạo người ta không chú trọng tới mối quan hệ huyết thống giữa các sinh vật, coi chúng chỉ là những cá thể tách biệt nhau, đứng ngoài quá trình tiến hóa lịch sử của sinh giới. Do các mẫu hóa thạch tìm được thường không hoàn hảo, không cho phép nghiên cứu toàn diện như đối với các sinh vật hiện sống, nên trong cổ sinh vật học thường phải áp dụng hệ thống phân loại nhân tạo.
Người ta phân biệt một số kiểu phân loại nhân tạo sau đây:
- Phân loại nhân tạo thực dụng, áp dụng đối với các di tích sinh vật không hoàn chỉnh nhằm phục vụ mục đích thực tiễn.
- Phân loại nhân tạo do cần thiết phải áp dụng đối với các bộ phận của cơ thể sinh vật bị tách rời hoặc chưa nhận thức được đầy đủ.
- Phân loại nhân tạo tạm thời đối với các phần của sinh vật chưa có cơ sở chắc chắn để gắn chúng với các sinh vật chủ.
Phân loại tự nhiên
Là kiểu phân loại dựa trên cô sở phát sinh huyết thống, nghĩa là trong kiểu phân loại này người ta chú trọng tới những dấu hiệu phản ánh quá trình tiến hóa của sinh vật. Để làm được điều này cần có những mẫu vật được bảo tồn tốt, cần tích lũy được nhiều tài liệu phản ánh những biến đổi của các dấu hiệu trong quá trình phát triển cá thể của sinh vật. Phân loại tự nhiên chỉ được tiến hành thuận lợi đối với các sinh vật hiện đại, ngoài ra nó cũng được áp dụng có mức độ đố với một số nhóm hóa thạch như Cúc đá, Bọ ba thùy, Ngựa cổ...
- việc phân loại sinh vật là cần thiết và rất phức tạp, đòi hỏi một chuyên ngành riêng là Phân loại học (Systematica hay Taxonomia). Chuyên ngành này không chỉ nhằm mục đích xác định sinh vật hay hóa thạch và mô tả chúng, mà còn cố gắng xác định vị trí của chúng trong hệ thống phân loại tự nhiên, trong dãy tiến hóa chung của sinh giới.
Theo đề nghị của nhà bác học Thụy Điển C. Linnaeus (1707-1778), hội nghị quốc tế các nhà sinh vật học đã thông qua hệ thống các đơn vị phân loại từ thấp lên cao như sau:
- Loài:là đơn vị cơ bản của hệ thống các đơn vị phân loại kể trên. Nó tập hợp các cá thể sinh sống trong một khoảng không gian xác định, giống nhau về các dấu hiệu hình thái, sinh học và sinh thái. Các cá thể của loài này cách biệt về phương diện sinh sản với các cá thể của loài khác.
- Giống:bao gồm một hoặc là tập hợp của một số loài có nhiều đặc điểm chung và có điều kiện sống gần giống nhau. Tương tự như vậy, một giống hoặc tập hợp của một số giống gần gũi tạo thành một họ; một hoặc tập hợp của một số họ gần gũi-một bộ; một hoặc tập hợp của một số bộ gần gũi-một lớp; một hoặc một tập hợp của một số lớp gần gũi-một ngành; tập hợp của một số ngành gần gũi-một giới.
Tên khoa học của các cấp phân loại được thống nhất viết theo chữ Latin như sau:
Trong nhiều trường hợp các cấp phân loại cơ bản nêu trên không đáp ứng được mức độ chi tiết của công tác phân loại sinh học, nên người ta đã sử dụng thêm các cấp phân loại trung gian. Để gọi tên các cấp phân loại trung gian này người ta đặt tiền tố"phụ" hoặc "thượng" vào trước tên gọi của cấp phân loại chính thức. Tên gọi cấp phân loại trung gian thấp hơn so với cấp chính thức có tiến tố "phụ" (tiếng Latin là Sub-). Tên gọi cấp phân loại trung gian cao hơn so với cấp chính thức có tiến tố "thượng" (tiếng Latin là Super-). Nhờ có hệ thống phân loại sinh vật mà người ta có thể biết vị trí của mỗi cá thể trong cây huyết thống từng nhóm sinh vật