Nguyên nhân chủ đạo gây ra bệnh còi xương là thiếu Vitamin D. Vitamin D được cung cấp từ hai nguồn: ngoại sinh và nội sinh.
-
Ngoại sinh là từ thức ăn, sữa mẹ, nguồn này chiếm tỷ lệ rất nhỏ. Vitamin D tan trong dầu nên nếu thức ăn của trẻ không có dầu mỡ dẫn đến giảm hấp thu Vitamin D.
-
Nội sinh là từ một tiền chất dưới da, dưới tác động của ánh sáng mặt trời chuyển hóa thành Vitamin D3, đây là nguồn chủ đạo để tham gia vào chuyển hóa tạo xương của trẻ. Do đó còi xương hay gặp ở trẻ em là bệnh còi xương do thiếu Vitamin D.
Một nguyên nhân khác hiếm gặp hơn là thiếu Vitamin K2, một protein vận chuyển canxi tạo xương hay thiếu một số khoáng chất canxi, photpho, kẽm, magie là những thành phần của xương.