Nét độc đáo trong phương pháp nghiên cứu của Menđen so với các nhà khoa học đương thời là:
- Nghiên cứu tách riêng từng cặp tính trạng chứ không nghiên cứu đồng thời để cho ra được kết luận chính xác cao.
- Chọn các dòng thuần chủng khác nhau bằng cách tự thụ phấn liên tiếp nhiều thế hệ.
- Khái quát và lí giải các kết quả thí nghiệm bằng phương pháp toán thống kê và xác suất.
- Kiểm tra lại cẩn thận các giả thuyết bằng các phép lai phân tích và phép lai thuận nghịch.